新的学年开始，忍术学园的忍蛋们陆续回校，可是一年叶组的喜三太却因未完成作业迟迟不出现原来上学期末全学园的暑假作业都搞错了，喜三太得到的是六年级的作业，其任务是偷出大间贺时城主的兜裆布。为了找回喜三太，园长命令雾丸、新兵卫以及其他年级几名未完成作业的忍蛋前往营救喜三太。另一方面，大间贺时正与邻近的黄昏城激战，乱太郎等叶组的小忍蛋自告奋勇前往这两座城池探听敌情。新的学年，忍术学园全员出动，却面临着巨大的危机…… 本片根据尼子骚兵卫的原著漫画《落第忍者乱太郎》改编，为同名漫画的第2部剧场版动画，真人剧场版也在同年上映。