明朝熹宗年间，宦官魏忠贤图谋不轨，陷害忠良东林党人顾宪成等豪侠之士，欲以“羊皮密卷”上呈熹宗，事未成，诸忠良遭魏杀害，唯顾宪成小女小云携“羊皮密卷”水遁逃去，投奔钱员外以求暂且栖身。钱员外贪功图利，欲向东厂报告，被幼女玲玲、幼子小胖发现后，告之小云。幸有一神秘道士“不知道人”飞身将小云救走，并窃走落入钱员外手中的“羊皮密卷”，将小云安置在一破庙中。庙中一名叫石头的小乞丐将小云打扮成乞丐女，混入街市寻找其他忠良后代。小云和石头结识了顽童小豆子和鼻涕虫。在他们走投无路之际，又有野道士暗中以“飞叶传书”指引他们投奔少林寺。来到寺门前，又遇见另一忠良遗孤高天鹏。少林寺念及孩子们的处境，破例收他们为弟子，交青草大师引领。一天，小云随少林寺俗家弟子至善外出学剑法，途中被魏忠贤手下杀手认出，双方激战，神秘道士助至善击退杀手。得到消息后，魏忠贤下令围剿少林寺。青草大师、至善护送孩子们离寺躲避。方丈被捕当作人质。为救方丈，小云私自下山而陷入重围。正当小云不支之时，道士、笑痴僧及师妹青青、苗苗赶来助战。道士战死，小云亦身中毒箭落井而亡。f临终前，小云将“羊皮密卷”托交至善。笑痴僧掩护至善、青青、苗苗突围。青草大师这时也已被东厂高手杀害。少林寺武惠师叔率至善等来到干佛崖古穴绝地，利用历代少林寺祖师遗留穴中之玄机，将追来的魏忠贤的手下先后除去。魏忠贤身怀刀枪不入之童子功，将他们逼向绝境。至善和苗苗悟出穴中有遗字秘诀，将蜡封闭气中的心明大师由蜡封中引出。心明大师用尽丹田修练的真元之气，全力一击，将魏忠贤的童子功破除，自己因元气大损而亡，但保住了忠良之后、少林幼苗。