在人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类，而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”。某天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。