沿续上一季的剧情，我们的穆德当然战胜了死神。但史卡利的姐姐–玛莉莎却被误杀。目前为止，两位主角各失去了一位至亲的亲人。而内容方面，X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。